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想问一下,RNA-seq测序之后,进行snpcalling得到的一些snp位点是杂合的,关联分析时按缺失小于0.2,第二等位基因频率大于0.05过滤后,得到的显著位点正好是杂合位点。想问一下,进行关联分析时,怎么处理的分子数据中的snp杂合位点,是直接当成缺失,还是过滤掉,还是基因型填充,还是直接导入tassel进行关联分析?谢谢各位老师
GWAS
tassel
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omicsgene
- 生物信息
2020-07-17 11:16
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS
直接导入tassel进行关联分析就好了;和位点杂合没关系;
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孙俊生
提出于 2020-07-16 19:37
相似问题
GWAS分析的教程中06.impute的beagle填充出现问题
1 回答
老师您好,针对这个问题https://www.omicsclass.com/question/7725。你们提到:你这个数据里面是不是P值有0的情况,取了对数就无穷大了,导致出问题。但是,我发现里面没有P值为0的情况,那是不是脚本gwas_manhattan_plot.r有问题呢?需要修改gwas_manhattan_plot.r脚本的什么地方才可以解决顶部只能画半圆的问题呢?还有,我发现P-Value的原始文件有NaN的情况,是什么原因呢?是否对GWAS有影响呢?
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