5 我有两个水稻的突变体，怎么选择定位方法
我有两个水稻的突变体，分别是用EMS诱导突变的，和tDNA插入突变的，目前都构建了F2代，呈现出明显的3:1分离，应该是个质量性状。请问采用什么测序手段能够比较好的做出定位区间呢？
最佳答案 2018-11-02 16:17
如果是EMS诱导的突变，那么就是比较经典的做法，对野生亲本和突变F2子代进行重测序，使用snp-index的算法进行定位，当然如果经费允许的话，把两个亲本和F2的两种性状混池都拿去测序是最理想的，可以在一定程度上增加定位效果；
如果是tDNA插入的话，情况有所不同，一般认为tDNA插入会引入片段，而不仅仅是SNP的点突变，所以用上面的方法可能效果不理想。推荐对突变亲本的单株进行重测序，然后用检测插入片段的方法进行分析，找到插入位点和片段序列。
