FPKM：Fragments per Kilobase Million，FPKM意义与RPKM极为相近。二者区别仅在于，Fragment 与 Read。RPKM的诞生是针对早期的SE测序，FPKM则是在PE测序上对RPKM的校正。只要明确​Reads 和 Fragments的区别，RPKM和FPKM的概念便易于区分。Reads即是指下机后fastq数据中的每一条Reads，Fragments则是指每一段用于测序的核酸片段，在SE中，一个Fragments只测一条Reads，所以，Reads数与Fragments数目相等；在PE中，一个Fragments测两端，会得到2条Reads，但由于后期质量或比对的过滤，有可能一个Fragments的2条Reads最后只有一条进入最后的表达量分析。总之，对某一对Reads而言，这2条Reads只能算一个Fragments，所以，Fragment的最终数目是Reads的1到2倍之间。

感觉我对这句话的理解应该 reads 的数目应该是Fragement的1-2倍吧，因为一个fragements会得到2个reads，在后期过滤中有这个fragements有1条或2条reads最后进入表达量分析，那么进入分析的reads是多于fragements的吧，因为一个fragements会有2个reads啊，所有的fragements都只有一个reads进入分析时，那么是相等的，当有两个reads进入时，reads是多于fragements的吧，求解惑