GDC上的TCGA的转录组数据,目前支持3中类型下载,分别是Count, FPKM和FPKM-UQ, 下载哪一种比较好呢?
GDC上的转录组数据,都是采用HTseq-count 进行定量的,之后再转换成FPKM 和 FPKM-UQ
我推荐采用Count 值,因为:
1. 下游进行差异分析的软件,比如DESeq2, edgeR都是采用Count值,
2. Count值,也可以转换成FPKM和FPKM-UQ