TCGA转录组数据有3中类型,下载哪一种比较好?

GDC上的TCGA的转录组数据,目前支持3中类型下载,分别是Count, FPKM和FPKM-UQ, 下载哪一种比较好呢?

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1 个回答

microRNA

GDC上的转录组数据,都是采用HTseq-count 进行定量的,之后再转换成FPKM 和 FPKM-UQ

我推荐采用Count 值,因为:

1. 下游进行差异分析的软件,比如DESeq2, edgeR都是采用Count值,

2. Count值,也可以转换成FPKM和FPKM-UQ

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