allele frequency（等位基因频率）的概念：用一个例子说明：假设在100个人里面，某条染色体上某个位点有一个SNP，这个SNP位点有三个allele： A, C, G。 通过全基因组测序的方法我们发现这100个人里面这个位点的碱基A出现100次，C出现80次，G出现20次（人是二倍体，因此这个SNP位点有200个）。所以我们可以计算这三个allele的频率: A = 100/200, C =  80/200, G = 20/200.  那么根据定义，出现第二多的就是minor allele frequency。 也就是allele C，MAF为0.4。