提取不出序列，你看看你基因的位置信息里面的第一列里面的序列ID，和你基因组的序列id是不是对应，搜索检查一下；
5 老师，我在学习基因家族视频，用perl脚本get_gene_weizhi预测基因顺式作用元件时出现了问题，老师请看
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老师，是这样的，我的物种是川桑（Morus notabilis），没有收录在在Ensembl数据库，所以我是在川桑数据库下载的genome，gene，cds及protein。如下图
然后在NCBI上下载了川桑的GFF注释文件，如下图
老师，下图是我根据视频学习找到的基因ID
然后运行perl脚本get_gene_weizhi，得到gene_weizhi.txt文件，如下图
老师，这儿我补充一点，川桑基因组数据库没有基因在哪条染色体上的信息，所以这里的结果就没有第二列出现基因ID的染色体位置，图中应该是基因在某个片段上的信息，我猜想不管是在染色体上还是在染色体片段上，应该都能找到上游1500位置的序列，所以我就接着往下走，运行Perl脚本tiquxulie，这里perl脚本后面跟的是genome，然后界面上就会出现如下信息
然后查看gene_weizhi.fa，得到如下结构，只有一列短的波浪线
然后我又运行这个脚本，只是perl脚本后面跟的是morus_notabilis.gene.fa，然后出现提示信息
然后查看Ggene_weizhi.fa，跟上面一样的结果
老师，我这个是怎么回事儿呀，我又是初入这个领域，才学疏浅，望老师指导！
2 个回答
老师，我的基因位置信息里面的ID和基因组的ID是一样的。
可能我没有把问题说清楚，我在运行perl脚本，get_gene_weizhi.pl后得到的基因位置信息是这样的
下图是GFF文件的一部分
get_gene_weizhi.pl得到了一共2万多个结果，我的基因一共才六十几个，我查看了一下GFF文件，发现这2万多个结果（就是NW开头这一栏）是GFF里面所有注释的gene，也就是说不是按照我的基因ID来提取的基因位置，而是将所有基因位置都提取了出来。并且第一幅图里面，得到的位置信息没有第一列（也就是基因ID），第二列是全基因组鸟枪序列（因为我们的这个物种没有基因在染色体位置的信息），第三列跟第四列都正常，分别是基因的位置和正负链，所以，我猜想，因为我的基因位置文件缺了一列，所以最后提取不了基因上游的1500序列，可是，老师，我运行get_gene_weizhi.pl后，为什么把GFF里面所有的gene都提取了出来呀，还有第一列的基因ID怎么不见了。下面是我的基因组数据的一部分。NW是鸟枪序列。
老师，我这个是怎么回事儿呀