多样性数据实操 OTU注释报错

attachments-2020-12-bpPgAzWg5fdeb769efc25.png老师 您帮我看看 我用了视频里的代码 但是报错 您讲这一块的时候 说时间太长 没有直接跑 我按源代码都报错

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

检查这两个变量设置是否有问题:attachments-2020-12-CLPtfBxR5fe0101e7fe81.png

终于跑完了 我换了个电脑 16G 没问题了 8G电脑没法跑 谢谢老师

老师,我试过用不同的数据库 也还是不行,这两个变量改过,会不会是这两个数据库路径不对,但是我 ll命令能看到啊

下载的镜像版本 和课程中的保持一致;

还有,数据库格式看看是否有问题;

我就直接在公众号上给的百度云网盘下载的,周五下载的版本 另外我发现这个版本的里面都没有work.sh文件,我怀疑是不是网盘上的数据库有问题?

你试试 silva数据库,greengene数据库没有测试过;

课程代码就是silva的 我自己又试了green的 。都不行啊

silva 是没问题的,你再检查检查我上面提到的哪些地方和课程不一样;再有你电脑的内存尽量多;少了也有可能报错;

docker pull omicsclass/ampliseq-q1:v1.2 镜像的版本用这个;

好的 不用谢

老师 我们这个脚本使用起来还是有问题啊,我之前换16G跑完了,但是当时我只有11个样品,我昨天跑了31个,又出现报错了,电脑内存又不行了啊。。。

样本多 内存要求多,可看看内存设置:https://www.omicsclass.com/article/1413 ,再不行就该换电脑或者增加内存了;

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小野猫
你好,你的问题知道原因了吗?我也遇到了相同的问题

电脑内存问题,最好找个linx服务器 找人给你装下docker

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