请教老师,用自己的hmm文件,进行了domain的二次搜索,结果如下图所示。结果显示仍然会有很多只是匹配了一部分序列片段。我用这些部分比对上的结果截取序列后,再三大数据库对比发现也存在我想要的domain. 现在的问题是,如果要这些部分的结果截取序列,做进化树就会差异太大。如果不要部分比对上的,又怕少了家族序列。这样的情况如何处理,有没有相关的标准?谢谢

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你需要详细了解你的家族结构域的特点,根据特点手动排除结果;

查看比对到的地方及其左右延申的序列,观察是否是你想要的结构域;如果是,可以修改比对结果from to的范围手动矫正;

如果确定不是删除就好了;

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  • 萝卜少少 提出于 2020-12-30 00:10

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