脚本参数--minsize=0 --minspan=30

老师，这个红线部分对应一下脚本哪个参数呢？/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.synteny screen --minsize=0 --minspan=30 --simple Ta.Hv.anchors Ta.Hv.anchors.new

另外，ft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog Ta Hv --cscore=0.7，这个脚本结束时候的cscore=0.7是指相似性70%吗？

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分类：基因家族分析

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omicsgene - 生物信息 2021-01-13 10:39

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

上面那个是分析原理，20个基因对应这个minspan；

cscore ：C-score is defined by the ratio of LAST hit to the best BLAST hits to either the query and hit. A C-score cutoff of .99 effectively filters the LAST hit to contain reciprocal best hit (RBH).

minspan：这个值越大得到的结果中共线性区域的长度越大，也就是筛选掉哪些小片段的共线性区域；

参考：https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)

脚本参数--minsize=0 --minspan=30

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