老师好,我的structure分析输出为空的,下面是我的基因组gff文件基因的id名字后面还有外显子内含子等等 get_gene_exon_from_gff.pl

attachments-2021-01-6X5VAuTq5fff18aa2fdbb.png老师,下面是我(第二张)打开TNF_domain_new_out_removed_redundant.txt时的情况attachments-2021-01-EqIImZQH5fff18bcecd22.png
第三张是我的TNF基因ID

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第四张是那个脚本
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我不知道问题出在哪里,麻烦老师帮忙解答一下

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

TNF_domain_new_out_removed_redundant.txt这个文件有问题吧,看起来很乱;你再和示例文件对比一下;


你这个文件ID有些不对,最好用mRNA  ID,不然会得不到结果:

看看如果是T 和P 的差别你批量替换成mRNA的ID ;


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阿健

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