老师好，我的structure分析输出为空的，下面是我的基因组gff文件基因的id名字后面还有外显子内含子等等 get_gene_exon_from_gff.pl

老师，下面是我（第二张）打开TNF_domain_new_out_removed_redundant.txt时的情况

第三张是我的TNF基因ID

第四张是那个脚本

我不知道问题出在哪里，麻烦老师帮忙解答一下

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 2021-01-14 13:42

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

TNF_domain_new_out_removed_redundant.txt这个文件有问题吧，看起来很乱；你再和示例文件对比一下；

你这个文件ID有些不对，最好用mRNA ID，不然会得不到结果：

看看如果是T 和P 的差别你批量替换成mRNA的ID ;

阿健 2021-01-14 13:47