请问各位大侠，进行分泌蛋白(多数含有信号肽序列) 家族的系统进化分析时，是否需要把含信号肽的蛋白的信号肽序列提前去掉在进行比对，之后构建进化树？如果是通用做法，请问具体原因是什么，该用哪些软件和参数进行准确的比对还有构建进化树？
如果是多个不同物种的分泌蛋白超家族进化分析，因为序列量大，该怎么比对和构建进化树呢？
急等各位大侠解答，请多赐教！