老师您好,我所研究的基因家族通过PFAM和HMMER筛选出187个符合条件,但是将其fasta文件提交至SMART在线数据库有多达42个是no match,请问那是把找不到的删除掉吗?还有就是我所选择的基因家族包括两个亚族,两个亚族下面有分为12组,我怎么确定我筛选的一百多个基因分别是哪个亚族哪个组呢?麻烦老师了!
经过实践,SMART里出来的结果特别严格,结果其实也不准,建议直接看文献,找到你这个家族的保守结构域,植物类的,优先拟南芥的研究结果,根据保守结构域确定是否删除该基因;对于分组,一般和拟南芥的这个家族的基因一起做系统发育树,根据拟南芥分组来确定你的亚组。
你都没说你分析得是哪个家族,我也不知道你的家族亚组怎么分?建议你在读读文献多多了解自己的家族自然就会分析了;
不同数据库确认结构域,建议取并集,有些数据库更新比较慢结果有差异是正常的;
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