1、需要描述一下你的数据~~原数据、重排数据（具体怎么排的）

2、所谓关键基因是指你的hub gene? 基于什么代码获得？还是你自己选的，具体的分析过程中的相关数据是否出现变化（关于分析的每一个过程相关数据的设置、并且分析结果中关与该基因的相关信息是否出现大的偏差）

3、比较两次分析获得的hub 具体数据上的差异，差值很大还是很小？

参考以上几点提供一下相关信息或者按照这个思路检查一下分析的结果

老师，我是根据去除基因FPKM值为0的基因后直接导入R进行WGCNA分析的。数据重排指的是把前面导入的原始数据的前100个基因放到第1000个基因后面，再进行分析。

关键基因就是指的hub Gene，是基于咱们的WGCNA分析代码获得的，前后分析的参数都没有变。

比较两次分析的结果，发现模块内连通性最高的基因名称变了，所以我感觉后续分析无从下手，还请老师给指点一下