老师，是这样的，我把问题完善了一下，我的物种是川桑（Morus notabilis），没有收录在在Ensembl数据库，所以我是在川桑数据库下载的genome，gene，cds及protein。如下图

然后在NCBI上下载了川桑的GFF注释文件，如下图

老师，下图是我根据视频学习找到的基因ID然后运行perl脚本get_gene_weizhi，得到gene_weizhi.txt文件，如下图

一共得到了2万多个结果，我的基因一共才六十几个，我查看了一下GFF文件（下图），发现这2万多个结果（就是NW开头这一栏）是GFF里面所有注释的gene，也就是说不是按照我的基因ID来提取的基因位置，而是将所有基因位置都提取了出来。并且第一幅图里面，得到的位置信息没有第一列（也就是基因ID），第二列是全基因组鸟枪序列（因为我们的这个物种没有基因在染色体位置的信息，是否可以将它看成是染色体，应该是可以提取序列的吧），第三列跟第四列都正常，分别是基因的位置和正负链，所以，我猜想，因为我的基因位置文件缺了一列，所以最后提取不了基因上游的1500序列，可是，老师，我运行get_gene_weizhi.pl后，为什么把GFF里面所有的gene都提取了出来呀，还有第一列的基因ID怎么不见了。

下图是基因组数据的一部分，NW是鸟枪序列（我们是否可以将它看成一条染色体，这样应该也能提取序列的吧）。

       所以，老师，我的问题就是，我运行脚本get_gene_weizhi.pl，为什么是把GFF文件里面所有的gene都提取出来啦，并且第一列缺少基因ID，之后我用基因位置文件提取1500bp序列时，为什么提取不出来呀，是否是因为位置文件缺少第一列（基因的ID信息），本人才学疏浅，还望老师赐教