做GWAS分析很多软件直接输入VCF文件就可以 比如TASSEL，为啥一定要生成VCF表格呢？ VCF文件看懂说明见：https://www.omicsclass.com/article/6
你需要用什么软件做GWAS你查看软件说明就好了，要求输入什么文件格式你自己准备一下；
你自己的数据编号有啥区别，我怎么会知道呢？
询问vcf文件生成SNP表时一些问题
老师您好，我得问题是这样的，这是我拿到的VCF文件，我想生成SNP表来进行GWAS分析，我有一下几个问题：
1.REF和ALT如果显示碱基数量大于一个，但是只有一个有差异，那我在生成SNP表格的时候是按照那个不一样的表示吗？
2.关于样本的命名：每一个前面都有sm的标号，这个文件里有188sm 90sm和9sm，老师请问不同sm标号是因为他们测序时分批测得吗？是不是可以理解为188sm命名得那一组属于一个时间段测序的。
3：老师，样本下的GT如果为杂合子0/1，请问老师这个SNP位点的碱基参考的是REF还是ALT
4：老师，有的样本下面为.表示什么意思？在生成SNP表时有什么表示呢？
谢谢老师
