不知道您的物种是有参还是无参？假如有参的话，其实大部分分析内容如鉴定、加倍重复事件、染色体位置等都是根据基因组信息做的，只是家族内基因表达量是需要转录组表达量数据的；要是无参的话，那鉴定基因家族就需要组装出的unigene了，但像加倍重复事件、染色体位置分析就做不了了，但是像其他系统发育树、motif分析、家族内基因表达定量都可以做，整理论文也是没问题的。

进行家族内基因表达量分析也是根据性状，及做转录组时设置的取样点，直接提取家族内基因表达量信息即可，分析下这些基因在不同处理或阶段表达模式变化，最好在选择些基因做下实时定量验证下。