提取vcf文件中的信息

老师您好,我购买了咱们重测序的课程,在实际分析的时候,发现vcf文件中存在多行scaffold,影响后续的分析,我在网上查找了一些资料,比如plink提取指定的染色体,但是最后的bed文件或者vcf文件的一些snp信息都被plink简化了,不知道有什么好的办法可以去除scaffold行,请教老师们了。

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