5 无参转录组里的回比率问题
我做了个无参考基因组昆虫的转录组，公司先对所有样品的数据进行了拼接，形成一个unigene库，然后再把每个样品的数据回比到unigene库上，得到一个回比率，我这里是55%，感觉有点低啊，什么原因造成的呢？
最佳答案 2018-12-29 15:49
55%的回比率确实不怎么高，一般来说影响回比率的因素有以下几条：
1. unigene库的拼接质量，这个又和物种基因组本身有关，如果杂合度太高，拼接难度也就增大了；
2 . 样品间差异，如果样品间或者说组间差异比较大，那么unigene库相对于每个单个样品来说，特异序列占比就高了，自然回比率也就下去了；
3. 分析人员、分析软件调试问题，如果是交给公司来做的，一般是不会出问题的，毕竟他们天天在做项目。
最后建议你重点看看差异分析结果里有没有符合预期的信息，如果有的话，55%的回比率也是可以接受的。
