关于q2-cutadapt demux 的问题

老师好,我看您的帖子中说用qiime cutadapt demux-paired时,可以自己分别选定mapping file 中forward和reverse的barcode。但是我在使用qiime2-cutadapt时提示并没有m-reverse-barcode-file 和m-reverse-barcode-column的选项呀。

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3 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你说的是这个帖子吗?https://www.omicsclass.com/article/1397 

参数指定的是meta文件里面的列名;不是文件;


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憨憨

请问现在的qiime cutadapt demux-paired 可以处理只有反向序列存在barcode的情况吗?

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周国伟

和楼上一样,我的样品里只在反向序列上加了barcode,请问现在的qiime cutadapt demux-paired 拆分只有反向序列存在barcode的数据如何操作呢?

我试过把--m-forward-barcodes-file sample-metadata.tsv \

    --m-forward-barcodes-column forward-barcodes \

这两行删掉,但是出错了,请问该如果解决呢?谢谢。


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