差异基因分组做维恩图如何得到共有基因特有基因列表等等

通常我们在做差异基因分析的时候，有不同的分组，然后做韦恩图比较一下分组总特有和共有的基因ID，但是如何取得韦恩图各部分数字背后的基因ID呢？：

这里介绍一个绘制韦恩图的R包Vennerable 可以实现，例如绘制维恩图代码：

library(Vennerable)
data(StemCell)

w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])
plot(w, type="circles")

例如，我想得到韦恩图当中，219,404,875背后的基因ID信息，这些信息都存储在w这个变量中：

其中01变号就对应了不同的分组基因的数量，背后的信息存储在w变量的 IntersectionSets当中

想得到ID信息可以使用以下代码，注意w为S4类型的变量，取值要用@符号，当然我这里只举例两组的韦恩图，其他3-9类的位图都可以类似实现：

w@IntersectionSets$`10`
w@IntersectionSets$`01`
w@IntersectionSets$`11`

omicsgene - 生物信息

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS | 采纳率 8% | 回答于 2018-07-04 12:11

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