老师您好！在一篇分析单个基因和免疫关系时TIMER，MCP-counter，EPIC和quanTIseq， ESTIMATE，ssGSEA这几个应该怎么用，可以选择哪几个组合吗？ - 组学大讲堂问答社区

老师您好！在一篇分析单个基因和免疫关系时TIMER，MCP-counter，EPIC和quanTIseq， ESTIMATE，ssGSEA这几个应该怎么用，可以选择哪几个组合吗？

老师您好！在一篇分析单个基因和免疫关系时TIMER，MCP-counter，EPIC和quanTIseq， ESTIMATE，ssGSEA这几个应该怎么用，可以选择哪几个组合吗？

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2021-07-06 14:05

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

TIMER，MCP-counter，EPIC和quanTIseq ssGSEA 这几个软件可以计算不同免疫细胞的组成；

ESTIMATE 可以评估每个样本中肿瘤纯度，基质细胞得分，免疫细胞得分等；

单个基因的表达量可以和这些免疫侵润值做相关性分析；

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西南提出于 2021-07-06 13:58