由于染色体太长,在HaplotypeCaller这一步报错了,所以我就没有构建索引但是想要CombineGVCFs的话必须有索引文件,我应该怎么建立呢?(尝试了gatk IndexFeatureFile 和bcftools -t都因为太长步支持,又尝试了bcftools -c可是这个建立的索引CombineGVCFs不识别)
按照课程里面的命令来运行即可,:https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ
HaplotypeCaller报错了是不是你电脑的内存不够 ,这步样本越多越挺耗内存的准备100G以上的内存吧
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