我想要将实验测序得到的数据与数据库中两千七百余个基因组进行序列比对、之后再构建进化树。使用Clustal W 但是五六天都只运行了一半..使用MUSCLE方法报错“MUSCLE Log file did not end properly, suggesting an unhandled exception”,请问报错的原因是什么？我应该选用什么方法才能更快速地完成比对呢？
不知道你的目的是什么？
clustalW和Muscle为多序列比对软件，非常消耗计算资源，2000多条肯定会花费很长时间；
建议用blast比对，会很快完成；
如果觉得我的回答对您有用，请随意打赏。你的支持将鼓励我继续创作！
