老师，想请教一下TCGA基因表达数据的问题，我从xena.ucsc网页上下载了基因表达数据TCGA-CESC.htseq_counts.tsv；然后发现该数据中只有Ensembl格式的基因ID ，没有SYMBOL格式的。所以接下来进行基因ID格式转换，却发现同一个SYMBOL ID对应的多个Ensembl格式的ID，想问下老师，这种情况该怎么处理？同一个SYMBOL ID所对应的多个Ensembl格式ID的基因表达数据应该留下哪一个？

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2021-10-26 11:49

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

TCGA 中的 ensembl ID 和基因symbol ID 对应表下载地址:https://gdc.cancer.gov/about-data/gdc-data-processing/gdc-reference-files

相同的可以取平均值或者最大值；