老师,您好:
我在做有参转录组的数据分析的过程中,第五步发现一个问题。请老师帮忙解答一下,万分感谢。
[ reached getOption("max.print") -- omitted 4 rows ]
[1] "create DEG_list object is over"
[1] "the number of origin gene is 27781"
[1] "the number of gene (after filtering) is 17256"
Error in newCountDataSet(countData = de$filterCounts, conditions = condition) :
could not find function "newCountDataSet"
Calls: std_multiple_level_comp
Execution halted
我也检查了我的分组设置,在第四步中所生成的all_gene_count.tsv、all_gene_fpkm.tsv两个文件的head的信息
注:我在第四步中所生成的all_gene_count.tsv、all_gene_fpkm.tsv两个文件进行了一些修改:
① 由于我是下载别人上传的SRA的数据,只有两个重复,我将每组样品的两个重复进行了复制粘贴,并命名成了_3和_4;
②将all_gene_fpkm.tsv的第一行关于列名进行了修改,在A1的位置加入了ID,这样在excel中所有的列名能够与相应的信息对上。