可以用这个最新的配置文件：

修改这部分代码可以个性化的设置连线的颜色，具体的修改方式参考circos官网的rule设置

chromosomes_units=1000000    #刻度单位Mb
karyotype=./chr.info  #染色体信息配置文件
show_tick_labels=yes
show_ticks=yes
spacing=10u
<ticks>  #设置染色体刻度
    color=black
    format=%d
    multiplier=1e-6
    radius=1r
    thickness=2p
    <tick>
        size=10p
        spacing=5u
    </tick>
    <tick>
        color=black
        format=%d
        label_offset=10p
        label_size=25p
        show_label=yes
        size=15p
        spacing=25u
        thickness=4p
    </tick>
</ticks>
<ideogram> #染色体绘制设置
    fill=yes   #是否填充颜色
    label_font=default
    label_parallel=yes
    label_radius=dims(image,radius)-60p
    label_size=45
    radius=0.8r  #设置半径，以免基因名称过长超出显示范围
    show_label=yes
    <spacing>
        default=0.005r
    </spacing>
    stroke_color=dgrey
    stroke_thickness=2p
    thickness=0.03r
</ideogram>
<links>  #设置连线
    bezier_radius=0r
    bezier_radius_purity=0.75
    color=black
    crest=0.5
    <link>  #基因家族共线性
        bezier_radius=0r
        bezier_radius_purity=0.75
        color=set2-8-qual-1
        crest=0.5
        file=./WRKY.link.txt    #输入文件
        radius=0.98r
        <rules>
            <rule>
                color=red
                condition=var(intrachr)
            </rule>
            <rule>
                color=red
                condition=var(interchr)
            </rule>
        </rules>
        thickness=8
        z=20   #层数
    </link>
    <link>  #全基因组共线性
        bezier_radius=0r
        bezier_radius_purity=0.75
        color=230,230,230,0.2
        crest=0.5
        ribbon=yes
        file=./genome.blocklink.txt   #输入文件
        radius=0.98r
        thickness=1
        z=15
    </link>
    radius=0.40r
    thickness=1
</links>
<plots>
    <plot>
       color=black
   label_snuggle=yes  #如多个文本文字距离过近，避免重叠  参考：https://www.omicsclass.com/article/678
        file=./WRKY.text.txt  #输入文件
        label_font=condensed
        label_size=24p
        link_color=red
link_dims=10p,10p,50p,20p,10p
        link_thickness=2p
        r0=1r
        r1=1r+500p
        rpadding=0p
        padding=0p
        show_links=yes
        type=text
    </plot>
    type=histogram
</plots>

<colors>
<<include etc/colors.conf>>
<<include etc/brewer.conf>>
#<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
#<<include colors.ucsc.conf>>
#<<include colors.hsv.conf>>
</colors>
<fonts>
<<include etc/fonts.conf>>
</fonts>
<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>
<<include etc/housekeeping.conf>>