老师您好，利用per脚本去除重复的转录本那一步我执行perl script/select_redundant_mRNA.pl mRNA2geneID.txt PTR2_domain_new_out_selected.txt PTR2_remove_redundant_IDlist.txt命令之后得到的文件中只有一行，和老师讲的格式完全不一样，如下图，我也截图了我的gff文件您看是因为它的原因吗？不知道该怎么解决了，请求老师指点一下

我得到的PTR2_remove_redundant_IDlist.txt如下attachments-2021-12-tSdIMqfI61b89549d72ed.png我的gff文件如下attachments-2021-12-s5Z7XUcq61b895ac4c100.png

执行命令所用的PTR2_domain_new_out_selected文件attachments-2021-12-aIsir8k861b8963d79b57.png

执行命令所用的mRNA2geneID文件attachments-2021-12-0ExpsXPb61b8969a9747c.png

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

再看看课程吧，两个文件的ID不对应，你需要修改一下：


attachments-2021-12-k6SHUUXF61b8b380b72c0.png

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  • Jc 提出于 2021-12-14 21:08

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