10 老师,你好!

基因家族分析课程中,《基因家族成员转录表达模式分析》提到可以使用转录组数据进行热图绘制,但是我的研究物种目前参考基因组刚刚公布,转录组和全基因组的id并不匹配。我准备做的是WRKY家族,现在打算是用拟南芥钓出来的我的物种的WRKY蛋白序列(全基因组),然后用我的WRKY蛋白序列再去转录组蛋白序列中钓WRKY蛋白序列,用钓到的数据去做热图,这样可行不,恳请您的答复为盼!

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1 个回答

生信老顽童

不可行的,因为无参转录组是组装得到的unigene,unigene的数量比实际的基因数量多很多,且序列较短。你进行比对的话,会出现多比对的现象,取舍比较困难。还是建议使用新出的基因组把转录组数据重新分析一遍。

如果你自己会分析的话,自己做一下。不会的话可以交个我们,我们可以代做数据分析。有意向做的话,可以微信联系18510686562.

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