转录组分组间差异基因分析

老师您好，我有两个问题。我的转录组测了两个物种，各3个发育时期A，B，C，发育时间顺序是A到B到C一个连续的时间顺序。两个种是同科的，相对近缘。筛选差异基因的阈值相同，都选定为FDR<0.05 且 |log2FC|>1，即两倍的差异倍数。

1 得到的差异基因数量相差非常多，一个物种的差异基因只有一两百，而另一个物种的差异基因多达9000多。除去可能存在的取样时候的问题，基于现有数据，这种情况一般该怎么处理？是否需要放宽差异基因数较少的阈值范围，比如差异倍数放宽至1.5倍。

2 公司给我的结果，只给了A vs B，和 B vs C两组差异分析结果，并未给出A vs C这两个时期对比出的差异基因。由于A,B,C是一个物种花发育的连续时期，您觉得是否有必要对A时期和C时期进行差异基因分析？

期待您的回复！非常感谢老师！

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2 个回答

microRNA 2018-10-25 10:49

1. 首先，你这个有没有生物学重复呀？

2. 如果没有生物学重复的话，你的这些差别比较大，考虑一下样品处理或分析有问题。

3. 你这差异基因9000多，物种是无参的吧？

4. 是否需要分析A和C的对比，看你想研究的问题，A和C有差别，能说明什么问题？

毛栗小懒彤 2018-10-25 15:25

3个生物学重复，但是生物学重复性不好。两个物种都是无参转录组。其中一个差异基因只有二三百，而另一个差异基因却有9000多。