使用SummarizedExperiment包的assay提取miRNA数据的表达矩阵时报错是什么原因?

query <- GDCquery(project = "TCGA-BRCA",

                  data.category = "Transcriptome Profiling",

                  data.type = "miRNA Expression Quantification", 

                  workflow.type = "BCGSC miRNA Profiling"

barcode = TNBC_barcode)

GDCdownload(query,method='api',files.per.chunk = 50)

BRC_DATA1 <- GDCprepare(query)####一般到GDCprepare就齐活了

library(SummarizedExperiment)

BRC_TNBC =assay(BRC_DATA1)


报错:Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 

  unable to find an inherited method for function ‘assay’ for signature ‘"data.frame", "missing"’

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

检查看看前面的几步代码是否运行成功

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  • 1114362987@qq.com 提出于 2022-01-21 17:37

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