转录组自主分析map出现问题

转录组数据分析时，进行到read 与基因组比对时，产生的sam文件为空，summary文件信息为：

Error reading _rstarts[] array: 1010748, 1017096
Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)
Command: /biosoft/hisat2-2.1.0/hisat2-align-s --wrapper basic-0 -p 1 --rg-id=SRR5710698 --rg SM:SRR5710698 --rg LB:SRR5710698 --rg PL:ILLUMINA -x /work/ref/Bamboo.HIC.genome --dta --rna-strandness RF -S SRR5710698.sam -1 /tmp/240.inpipe1 -2 /tmp/240.inpipe2
(ERR): hisat2-align exited with value 1

请教是何处出了问题？

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分类：转录组

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2022-03-22 16:42

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

基因组索引可能没有建立成功吧；

转录组自主分析map出现问题

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