sam 转换成bam 格式并排序时,没转换成功。reads 与基因组进行比对map这里出错。

老师,我利用demo数据进行转录组分析。

在尝试将demo的数据,将sam 转换成bam 格式并排序时并没有转换成功。不太清楚哪里出了问题。

我不知道demo数据是否是链特异性文库,所以也就没去设置(RF or FR)。也不会设置。

所以,是不是文库设置这里出问题了?导致后面的sam转换成bam不成功?

attachments-2022-04-tPuE5R6U62495fcf8de07.png


attachments-2022-04-tkXDaSdc624a587822acf.png

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查看normal_rep1.sam,里面内容为空;

查看normal_rep1.summary,结果如下:

attachments-2022-04-atm1AAyO6249b8d78680c.png

好生奇怪,不知那里出错?

提示hisat2-align exited with value 1。  这个问题怎么解决?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

索引文件没有建立成功,可能是内存不够导致的,你按照这个方法尽量多个docker内存:

https://www.omicsclass.com/article/1413  

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