j结构域 domain 就是motif， 按理来说 这些家族成员都有相同的domain，都会找到motif；
你把 以下参数调整一下 可以把motif 最大长度调成200 试试，有可能找到更多motif
MEME分析中，motif的E-value值太高，意味着不准确了。对吧。
想请教老师一下。我搜出来的motif中，第6个开始，E值0.74，已经高于0.05了。这是不是意味着这些motif（6-15的）在我的基因家族里不存在？
所以我需要调整参数，将motif设置成5才对。是吧。
我在分析时可以说：根据预测结果，结合E值，我的基因家族中，有5个motif。
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我选择motif个数5重做了一次。结果基因家族中，有部分序列没有motif。我想这也可以理解，毕竟这些蛋白质序列与陆地上的植物相比，一致性都不高，20-30%左右。所以才没有搜到motif。这样解释合理吧：）
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没有motif不代表没有保守的domain，所以我又做了Pfam的保守domain分析。然后所有序列都能检测到保守domain。所以就解释得通了。没有motif，不代表没有domain。
请老师帮忙看看。
我觉得这么分析下来是合理的。
