可能是ID不对应,看看你的蛋白序列里面的ID与GFF里面的mRNA的ID一致;
#geneIDmRNAID
BGIOSGA001544-PABGIOSGA002576-PABGIOSGA002811-PABGIOSGA004679-PABGIOSGA005940-PABGIOSGA005943-PABGIOSGA006009-PABGIOSGA006978-PABGIOSGA007501-PABGIOSGA008831-PABGIOSGA009909-PABGIOSGA010345-PABGIOSGA012193-PABGIOSGA013468-PABGIOSGA013470-PABGIOSGA015005-PABGIOSGA015006-PABGIOSGA016495-PABGIOSGA025712-PABGIOSGA026849-PABGIOSGA037938-PABGIOSGA038642-PABGIOSGA039232-PABGIOSGA039662-PABGIOSGA040099-PA