get_gene_exon_from_gff.pl 这个脚本直接从gff文件里面提取信息,你就别用gffread转换成gtf了,对你来说没用,忽略就行;我记得gffread这行已经注释了;
没用CDS的信息,你查看一下ID,信息对应关系,也就是输入提取的ID和GFF里面的CDS行对应的ID是否一致;
一共运行了两个脚本:gffread ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -T -o Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gtf和perl ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt -in2 ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff,那么第一个叫脚本代表什么意思,生成的.gtf是什么作用,第二个脚本运行完,生成的 gene_exon_info.gff信息中为什么没有CDs的信息?