关于16S去噪的问题

老师们好!

我在用Qiime2做16S V3-V4的分析,是直接拿到公司的测序数据,已拆分但未去接头。我去接头序列后用dada2做了去噪,原本10万 reads/sample在去嵌合体后一下子降到1万左右,前序步骤merged reads还有一半以上(如下图)。且能得到357个特征序列。

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然后我联系了公司技术人员,用他们建议的参数和步骤(省去去接头,直接用dada2)得到了2万的非嵌合序列,但也很明显他们这个过程里merged reads少了(如下图)。而且特征序列也只得到319个。

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因此我很怀疑是测序过程中建库有问题,希望能得到老师们经验方面的指导,谢谢!


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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

merge之后损失的数量最多,可能是没有测通吧,你问问他们建库长度是不是不对。

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