所测材料与参考基因组品系为相同生态型,此时是可以只测2个子代池的,以参考基因组为一致性序列计算SNP-index。假如,所测材料与参考基因组存在较大的差异,就会导致出现大量假阳性SNP。所以,还是推荐测双亲和2个子代池,尽可能排除背景噪声,减少假阳性SNP。
如果研究的性状是数量性状,最好测2个亲本及2个子代池,其次是1个亲本和2个子代池。不推荐只测2个子代池,会出现较多假阳性SNP。