BSA只测两个混池,不测亲本可以吗?

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红橙子

所测材料与参考基因组品系为相同生态型,此时是可以只测2个子代池的,以参考基因组为一致性序列计算SNP-index。假如,所测材料与参考基因组存在较大的差异,就会导致出现大量假阳性SNP。所以,还是推荐测双亲和2个子代池,尽可能排除背景噪声,减少假阳性SNP。

如果研究的性状是数量性状,最好测2个亲本及2个子代池,其次是1个亲本和2个子代池。不推荐只测2个子代池,会出现较多假阳性SNP。

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  • 红橙子 提出于 2018-11-02 15:40

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