你好！现在大部分基因家族文章里提供的分析内容总结如下：

1. 鉴定基因家族成员；

2. 预测基因家族成员的顺势作用元件（转录因子基因家族）；

3. 构建系统进化发育树；

4. 搜索基因家族成员蛋白保守结构域及MOTIF；

5. 绘制基因的染色体位置图；

6. 绘制转录本结构图；

7. 筛选串联重复基因，计算串联重复基因的KAKS，绘制串联重复基因的circos图；

8. MCScanX共线性分析、基因家族加倍分析；

9. 绘制基因组共线性circos图；

10. 结合转录组数据做联合分析

当然以上针对的是有参考基因组，同时基因组组装到了染色体水平的物种。如果您研究的物种基因组只是组装到了scaffold水平，那么部分分析就没法做，或者说做出来的效果图片很难看，像这类物种，上述分析条目里的5、7、8、9条就不怎么建议做了。