你这个不是GVCF，不能用这个方法合并；
我看你的文件是普通的vcf文件；
10 合并gvcf的问题
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我有一批大约300个样本的gvcf文件，我尝试使用GATK的CombineGVCFs合并这些gvcf文件，但是提示我错误：A USER ERROR has occurred: The list of input alleles must contain <NON_REF> as an allele but that is not the case at position 763769; please use the Haplotype Caller with gVCF output to generate appropriate records。由于缺乏bam文件我只能尝试别的方法合并，当使用bcftools时提示：X602.g.vcf.gz was expected to contain a single sample but actually contained 2 samples. 之后我发现在gvcf文件中的变异是以varaint和variant2两列表达出来的，图中我截取了前面几行）。请问老师，这种情况我该如何完成gvcf的合并呢？
