老师你好，我想将hmm和blast搜索的成员想合并起来建树，我试着用MatE_domain_confirmed和blast搜索成员的全长序列合并来建树，但失败了，原因是相似度不够。是不是要将blast搜索出的成员蛋白全序列改成基因蛋白的结构域序列才能建树？但我要怎么改呢，如何将blast检出的成员的蛋白序列都做成结构域序列。成员，

请先 登录 后评论
默认排序 时间排序

1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

blast 搜索的 结果，首先你得知道你的结构域序列在蛋白序列上的位置，可以借助samtools 等工具批量截取序列：

截取序列：

https://www.omicsclass.com/article/1169 

https://www.omicsclass.com/article/1245  



请先 登录 后评论
  • 1 关注
  • 0 收藏，1052 浏览
  • 陌明 提出于 2022-08-18 23:27

相似问题