如何筛选两个种群（亚种）的保守差异基因？

老师您好。我最近想要筛选出两个种群（亚种）之间存在保守差异的基因，以此从基因层面快速鉴定两个种群。请问有什么方法可以做到？或者有哪些课程的内容涉及这部分？谢谢！两个种群的全基因组都测了。