10 老师您好,我在使用组学大讲堂docker镜像进行转录组分析时遇到问题

使用get_gene_length_from_gtf.py这个脚本生成gene_length文件时,发生以下错误:

raceback (most recent call last):
  File "get_gene_length_from_gtf.py", line 50, in <module>
    kvs=get_value(tmp[8])
  File "get_gene_length_from_gtf.py", line 37, in get_value
    k=g.group(1)
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'group'

无法生成gene_length文件,我想请问老师是不是我的gtf文件格式格式没有处理好?谢谢老师

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

可能有些基因没有转录本ID,你看看数据对应的行GFF是不是有异常;

修正或者删除

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