你这个比较麻烦，蛋白ID和mRNA ID 不是一致的，导致脚本找不到对应的蛋白序列；
因为我的脚本认为 mRNAID和 cds pep 序列的ID一致；
10 perl脚本去除重复的hmmer搜索的转录本ID为一行，且结果ID是蛋白序列ID。
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#去除重复的hmmer搜索的转录本ID，多个转录本ID保留一个作为基因的代表，此步建议对脚本输出的文件手动筛选，挑选ID：
perl script/select_redundant_mRNA.pl mRNA2geneID.txt WRKY_domain_new_out_selected.txt WRKY_remove_redundant_IDlist.txt
查看解答区的相似问题：老师的解答为：GFF文件可能不是标准的gff文件。我检查了自己的gff文件，第三列包含了gene,mRNA,cds等信息（标注2）。但是与拟南芥的gff文件相比，多了红色部分内容（标注1）。如图所示：
图一为我的gff文件信息
图二 拟南芥
另外，我检查了蛋白ID和gffID，发现ID不一致。蛋白ID多了：.1。第一张为蛋白ID，第二张为gff ID。
我的mRNA2geneID.txt 如下：
这是xxxx_domain_new_out_selected.txt截图:(gene 处连接为完整序列信息）
因此，为了去除重复，我应该怎么该我的文件？
