老师您好：
我想综合实验室的RNAseq数据做分析，之前不同时间处理的样品，call表达量用的基因ID不一样。现在想统一下。
由于不同批次测序类型也不一样，有双端测序也有单端测序结果。样品是各种用胁迫处理，比如说高温低温干旱处理还有对照
这些样品我在做组装的时候用哪一个好？数据类型不一样能放在一起组装么？
用什么软件会更好一点处理这个问题？
谢谢老师，期待您的回复解答。
1. 从你的描述来看，你研究的应该是“无参考基因组”的物种，需要将测序数据组装成Unigene 。
2. 无参考物种的组装，一般采用Trinity 软件.
3. 如果数据比较多，建议选择数据格式比较统一的数据，双端优先于单端， 长读长优先于短读长 。
4. 尽量保证样本的多样性，比如将各种处理条件的数据放在一起， 但是也要考虑组装的复杂性，样本越多，需要更多的内存，组装消耗的计算资源也越多，组装的转录本越多，需要做一个权衡。
