基因家族分析共线性的时候没有大片段复制的基因对 正常吗

老师您好:

        我是根据docker课程学习基因家族,做自己的物种,共鉴定到22个HSP70基因,,到MCScanX的时候,使用excel的vlookup函数,找到一对串联重复的基因,但是没有大片段复制的基因,作图时也没有红色的线条,,,使用脚本perl /biosoft/MCScanX/MCScanX/downstream_analyses/detect_collinearity_within_gene_families.pl -i HSP70_family.txt -d mcscan/FN.collinearity  -o HSP70.collinear.pairs,,,,最后HSP70.collinear.pairs文件里只有一个HSP70,其他啥也没有。

     这种没有大片段复制的基因存在 是正常的吗。

下面是我的HSP70.collinear.pairs。



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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

有可能的额,建议你查阅文献,看看别人做的是否有类似情况看;

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小夭

好的谢谢老师 看了几篇别人做的我这个基因家族分析 没有看到共线性的说明 可能是真的没有

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