比较基因组学 关于绘制3个以上的物种基因家族进化与同源关系(mcscan python版本)

老师您好，之前我问过出现找不到基因的原因，您让我简化一下ID，https://www.omicsclass.com/question/5477。我简化后还是出现如下报错：


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后来我先画了2个物种，可以出来图，再画了3个物种，也可以出来，，增加到4个物种时就又开始出现类似报错，，所以我想原因不是我的ID，是我的mcscan_layout文件与mcscan_seqid文件，，我想问下画更多物种时（4种），我是想画成您课程里介绍的那种5个物种甚至更多。这2个文件到底该如何整理。我看官方文档也很简洁 介绍了3个物种，可是我想画更多应该怎么处理呢，，以下是我画图时使用报错的mcscan_layout与mcscan_seqid


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谢谢老师解答！


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2 个回答

小夭

https://blog.csdn.net/qq524730309/article/details/125228457  我搜了一下，发现可以参考一下这个链接修改，然后画出4个物种的图了

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安生水
擅长：perl,基因家族,linux,chip-seq

你好，我看了下你的文件，layout确实有问题，具体修改方法见下图：


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这里的0 1 2 3 可以理解为物种，从 0 开始，按照你的顺序依次编号，如下图：


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要画 FN 与 TAO的共线性，就要指定连线是从1到3，对应的两物种共线性文件就是FN.TAO.anchors.simple。


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  • 小夭 提出于 2023-01-09 16:18

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