两种方法应该是有交集的，你说的完全没有交集可能那里做的有问题。
一个不同的基因名字有相同的序列，可能是同源基因吧，或者你再确认一下提取的序列是否有问题。
如果有家族的隐马尔科夫模型pfam号，建议不用blast方法了；
更多方法，可以观看《基因家族文献讲解》
2 个回答
谢谢老师，我查到了这个基因家族的一个Pfam号 ，并下载到了这个hmm文件，按照视频操作进行hmmresearch获得了对应的fasta文件，刚开始没有怀疑按照操作流程做，后来检查这个hmm文件处理的数据发现Pfam号对应的数据信息有问题，不属于这个基因家族，但是整个查询和操作方法我仔细检查并重复了，没有问题，把这个数据抽取基因序列放到NCBI里面比对发现保守域有问题，也就是说网站的基因家族对应的PFam号有问题，所以我最后还是选择用的blast的数据结果，找到候选基因。