在做WGCNA分析时，已经找到最相关的模块，想要用其中的lncRNA和基因根据pearson's correlation coefficients做一个热图（行为lncRNA，列为基因），但是根据课程的代码并没有看见这部分计算的结果在哪里，不知道这个pearson's correlation coefficients如何计算？谢谢~

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2 个回答

Daitoue 2018-11-20 10:53

用WGCNA包里的corAndPvalue或者cor()计算，具体使用方法在Rstudio里面查询一下函数就可以了

还不明白就参考下面这个：

> dim(datExpr0)
[1]   24 2938
> similarity=cor(datExpr0,method = "pearson")
> dim(similarity)
[1] 2938 2938

最终构成了一个大矩阵

你适合第二种

张婷婷  2018-11-22 19:40