10 尊敬的老师!!恳请您在百忙中帮忙解答!根据群体遗传进化课程我构建进化树,显示如下错误。我的VCF文件通过如下命令进行排序,。排序后VCF文件缩小了很多,是对的吗?是不是我的vcf文件有问题,但是我PCA和STRUCTURE都是可以分析的,急需亲爱的老师们解答!!!

attachments-2023-05-3gIjM9TU64706eaa43eb9.png

run_pipeline.pl -Xmx30G  -SortGenotypeFilePlugin -inputFile clean.vcf.gz \
    -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCF

attachments-2023-05-KGxRPexn64706eaedd1a5.png

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

样本ID不能超过10个字符,你仔细检查一下,简化自己的样本ID;

如果超过10个字符会自动截断到10个字符,可能导致ID重复,你打开phy文件看看吧

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