你好，我也遇到了同样的问题，请问你解决了吗？
蛋白三维结构预测遇到问题：当在swiss-model中选择使用模板的方法时，在上传模板的时候发现因为以下问题没法上传
这个就是蛋白序列文件和其经过比对得到的模板文件protein sequences.txt 4mla.pdb。
利用黄老师讲的方法，从PDB数据库中下载经过PSI-BLAST比对获得的模板的PDB格式文件，在swiss-model中，使用自己模板的方法进行三维结构预测，结果在上传文件的时候遇到以上的问题，请问怎么解决。
Chains A, B of the uploaded template do not start with residue no. 1. Will be renumbered.
Chain A of the uploaded template contains multiple unordered residues, starting at residue 623. Residue numbers must occur in ascending order. That way, the structure does not apply for modelling
个人感觉是PDB文件是不是出现不标准，残基的排序有问题，需要重新排序，这样的话，应该怎么弄
Chains A, B of the uploaded template do not start with residue no. 1. Will be renumbered.
Chain A of the uploaded template contains multiple unordered residues, starting at residue 623. Residue numbers must occur in ascending order. That way, the structure does not apply for modelling
另外就是我在旁边的帮助一栏中发现如下，是不是这个的原因？
补充：我又利用黄老师给的Python的程序下载这个蛋白模板的PDB格式，结果下载的是CIF格式的该文件4mla.cif
然后将这个文件上传为模板时，又出现如下的问题：
Could not read the residue number of an ATOM record (e.g. miss-aligned columns). This prevents loading structures from this file
